微生物相對容易進行基因改造,使微生物能在特殊條件下發揮作用,供工業之用。典型的工業用酶包括:添加到洗衣粉中的酶和提取果汁時所用的酶。微生物還可作為污染指示生物,如水樣本中大腸桿菌的數量愈多,代表糞便污染水平愈高,即水質愈差。微生物亦可用作污水處理,在需氧和缺氧情況下分解污水中的有機物。此外,微生物還能用於分解有機廢物,生產沼氣,沼氣是一種重要的燃料。
污水是使用過的水,當中可能含有糞便、尿和其他廢物。因此污水中有大量的有機物和微生物,若直接排放,會嚴重污染水質。為了減少污染,污水需經過處理才能排放。
在污水處理的過程中,污水首先會進行沉降,形成污泥。污泥中的有機物經微生物缺氧分解,產生沼氣,餘下的污泥經乾燥後可作為肥料。污水沉降後,把空氣泵入餘下的液體內,使液體中的有機物被微生物進行需氧分解。最後,污水經沉降消毒後,便可排放到大海中。