天然肥料又稱為有機肥料，包括糞肥和堆肥。糞肥主要指農場禽畜的糞便，內有豐富的有機物，泥土中的細菌會將它轉化成無機物供植物吸收。

堆肥是指腐敗的蔬菜殘渣。天然肥料含有腐殖質，可以改善土質。動植物的屍骸也可以作為有機肥料，如落葉。

市面上銷售的化學肥料（化肥），又稱為無機肥料，是化工廠生產的人工肥料，主要由含氮、磷、鉀的無機化合物和硝酸銨 (\(\rm{NH}_4\rm{NO}_3\))、磷酸銨 (\(({\rm{N}}{{\rm{H}}_4})_3{\rm{P}}{{\rm{O}}_3}\))、硫酸銨 (\(({\rm{N}}{{\rm{H}}_4})_2{\rm{S}}{{\rm{O}}_4}\)) 組成，為植物提供生長必需的礦物質。