酶分子具有一個或以上的活性部位，這些部位有特定的形狀。

只有形狀與酶的活性部位完全相配的受質分子，才能跟酶分子結合，形成酶受質複合物。酶受質複合物為化學反應提供了一個能障較低的反應途徑，因此可加快此反應的進行。

酶的作用具專一性，即每種酶只能跟形狀與其活性部位相配的受質分子起作用。酶的專一性可用鎖鑰假說來解釋。鎖鑰假說指出，只有合適的鑰匙才能把鎖開啟，同樣只有合適的酶才能與受質結合。