過敏是免疫系統對一些無害物質（如花粉、海鮮、粉塵等）的過度反應，常見的如濕疹、哮喘、花粉病、海鮮過敏、食物過敏等，過敏反應常出現皮疹、氣喘等癥狀。 除了過敏，免疫系統產生的問題還包括器官移植和自身免疫疾病。
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類風濕性關節炎和系統性紅斑狼瘡是自身免疫的典型例子。與正常人的免疫系統不同，自身免疫病人的免疫系統不能分辨外來抗原和自身組織，會產生抗體對付自身組織。類風濕性關節炎患者常出現關節紅腫、疼痛等癥狀，這是因為患者體內產生了對抗自身關節滑液膜的抗體，使關節發炎。
器官移植指的是把健康人士的器官移植入患者體內。由於移植器官表面有很多抗原，被受贈者的免疫系統當作外來抗原對付，因此常出現免疫排斥現象。以下方法可減少器官排斥：
移植手術前，捐贈者與受贈者之間先行進行檢查配對
使用免疫抑製劑抑制抗體產生及 T 細胞反應，減少排斥