在實驗室中，我們最關注合成路線的總百分產率。但當合成路線被應用到工業生產時，我們就要考慮更多因素來判斷該合成路線的優劣。
我們亦可從摩爾數計算百分產率。
\(\begin{align*} \rm{百分產率} &= \frac{\rm{實際摩爾數} \times \rm{分子量}}{\rm{理論摩爾數} \times \rm{分子量}} \times 100 \% \\ &= \frac{\rm{實際摩爾數}}{\rm{理論摩爾數}} \times 100 \% \end{align*}\)
一般而言，有機化合物的合成百分產率很少能夠達到 \(100\%\)。大部分有機化合物的反應都的百分產率都不超過 \(70\%\)，能夠超過 \(90\%\) 的已算是高效率的反應。
一般而言，當合成路線涉及的步驟數目愈多，總百分產率則愈低。
以下是總百分產率的計算機，輸入每個步驟的平均百分產率和步驟數目，觀察這些改變為總百分產率帶來多大的影響。
起始物料和試劑的價格要相對便宜，否則即使獲得總生成物，亦要面對巨額虧蝕。此外，起始物料和試劑的供應要充足和穩定。
例如維他命 \(\rm{C}\) 的年產量高達 \(11\) 萬噸，當中消耗大量的起始原料和試劑，因此供應充足且價格便宜的葡萄糖是理想的起始物料。
在常溫常壓下，大部分有機化學反應都只能緩慢進行，因此很多情況下需要加熱或回流加熱以提升反應速率。某些以氣體為反應物的反應（例如烯的加氫反應），更會以增加反應爐的壓力（即增加氣體反應物的濃度）來提升反應速率。但高溫反應意味著高耗能，大大增加燃料或電力成本；而興建高壓反應爐亦所費不菲。
可見，溫和的反應條件有利降低總生成物的生產成本。
把生成物從反應混合物中提純是一門艱深的學問，有時候甚至比設計合成路線更困難。特別是當反應生成多於一種生成物時，除了會浪費部分起始原料外，亦會為増加提純的難度。
假設我們要大量生產 \(2-\)溴丙烷，丙烯與溴化氫的加成反應，生成 \(2-\)溴丙烷（主生成物）和 \(1-\)溴丙烷（副生成物），它們擁有相似的物理性質（不溶於水、相近的沸點），這些因素都大大増加了提純的難度。因此只生成單一生成物的反應會常被應用到合成路線中。
為了保護環境，各國都制訂相關的法例，限制工廠排污，包括限制從工廠排放出來的污水的重金屬含量，另外對酸鹼度亦有要求。
例如：丙醛與酸化重鉻酸鉀溶液共熱產生氧化反應，丙醛被氧化成丙酸，重鉻酸根離子 (\(\ce{Cr2O7^{2−}}\)) 則被還原成鉻 (III) 離子 (\(\ce{Cr^{3+}}\))，因此排放物中含有重金屬。
在設計合成路線時，要麼就以其他氧化反應代替，要麼就把重金屬從排污物中分離。