RFLP 的步驟：

1. 提取樣本中的 DNA。
2. 用特定限制酶切割 DNA。特定限制酶的識別部位部分位於旁側序列中，而個體的 VNTR 長度不同，使得限制性片段的長度也因人而異。
3. 進行凝膠電泳，按長度分離 DNA 片段。
4. 利用鹼性溶液使 DNA 變性，成為 DNA 單鏈。
5. 把 DNA 單鏈片段轉移到尼龍濾膜表面，便於與 DNA 探針結合。
6. 把濾膜浸泡到含有放射性 DNA 探針的溶液中。 DNA 探針的鹼基序列與四至五個 VNTR 位點上的部分序列互補，而相互結合。
7. 洗去沒有與 DNA 單鏈結合的探針，把濾膜放在照相底片上顯影。
8. 放射性探針使照相底片相應位置曝光，顯影後產生暗條帶，這塊帶有暗條帶的膠片就是 DNA 指紋。

利用 RFLP 分析 \(4-5\) 個 VNTR 位點，需要使用大量高純度的 DNA 樣本，而且整個過程需要幾個月才能完成。
關於 RFLP 還可觀看動畫 DNA 指紋分析的程序

PCR - STR 的步驟：

1. 提取樣本中的 DNA。
2. 利用 PCR 擴增基因中的 STR。
3. 進行凝膠電泳，把擴增的 DNA 片段按長度分離，所得的 DNA 帶即為 DNA 指紋。