我們每個人都有獨一無二的 DNA 鹼基序列（除非是同卵雙胞胎）。因此，理論上，只要測定 DNA 鹼基序列，就可以辨認每一個人。

實際上，現時的技術要完整測定人體 30 億個鹼基對，由於耗時和成本問題，故仍未能普及化。

1980 年代，科學家發現，如果用某種限制酶把人體的 DNA 切割，能得出長短不同的小段，按其長短可製成「限制切割圖譜」（外觀類似商品上的條形碼）。由於每個人的 DNA 序列有細微差異，因此限制酶所切割位置和次數會略有不同，形成獨特的圖譜。

不同個體的 DNA 切割圖譜，完全相同的機會很低；另一方面，父母與子女的圖譜由於遺傳性，會有很多相同的地方。這些特點有助鑑定個體身份，故 DNA 切割圖譜也稱為「DNA 指紋」。

理論上，所有含有 DNA 的細胞都可以作為提取 DNA 的樣本。常用的取材包括血液、精液、皮膚、唾液、痰液、毛髮和骨骼等。

DNA 的化學特性穩定，一般遺留在衣物或者衛生紙上，數年內都可以進行 DNA 的提取。不過，某些環境條件（如酸性液體）以及細胞死亡時核酸酶的分解作用，都會導致 DNA 分解，即 DNA 的雙鏈斷裂、末端鹼基脫落。

DNA 的分解會直接影響 DNA 指紋的完整性。分解到一定程度後，就不能被應用於 DNA 指紋測試。

DNA 指紋技術是建基於一個事實：人類染色體中約 90% 的 DNA 都不能轉譯為蛋白質（稱為非編碼 DNA）。因此，當這些區域出現突變，也不會影響該個體的生存。每個人都有獨特的非編碼 DNA。

DNA 指紋分析主要有以下程序：

1. 使用限制酶，將樣本 DNA 切割成小段

2. 利用凝膠電泳，把不同長度的 DNA 段落分開

3. 使用放射性探針與 X 光底片，把 DNA 段落顯示出來

目前，DNA 指紋分析主要應用於親子鑑證和法證科學上。以下讓我們看看一些例子吧。