基因改造微生物具有重要用途，但也對人類健康和環境具有潛在危機。人們必須嚴格監管和遵守各項安全措施，以減低使用基因改造微生物的風險。
基因改造微生物所攜帶的有害基因可能會轉移至人體。
有些人進食基因改造食物或服用基因改造藥物後會出現過敏。
基因改造微生物可能會被恐怖分子濫用於生產生物武器。例如在 911 恐怖襲擊中，恐怖分子郵寄給美國人的炭疽菌造成 5 人死亡， 22 人染病。
