工業生產過程中，經常需要大量生產一些生物產品，例如果膠酶和乙型肝炎疫苗等。很多時候，生成這些生物產品的生物，並不能直接用於工業生產，因為：

1. 所需生成物的產量極低；
2. 生成物極難被提取；
3. 該生物的生長條件苛刻且昂貴。

應用重組 DNA 技術，把編碼這些生成物的目標基因，整合到微生物中，製造基因改造微生物。

基因改造微生物能：

1. 能大規模生產有用物質；
2. 顯著提升有用產物的產量；
3. 生產產物的效率很高。

人類胰島素：由基因改造的細菌產生。
乙型肝炎疫苗：把乙型肝炎病毒的病毒蛋白衣基因插入酵母細胞中，酵母細胞從而合成出病毒蛋白衣，用以製造乙型肝炎疫苗。

利用基因改造微生物生產酶。 例如添加到洗衣粉中的酶、果膠酶、製造芝士所需的酶

某些基因改造微生物能分解漏油或化學污染物，幫助解決環境污染問題。
某些基因改造微生物能使礦石中的其他物質溶解，增加提取金屬的效率。