傳染病的病原體有不同種類，主要包括細菌、真菌、病毒、原生生物四種，此外還有寄生蟲、病原性蛋白顆粒等。它們通過眼、耳朵、口、鼻和皮膚傷口入侵人體，並在人體內繁殖。每種病原體都有其獨特的結構和繁殖方式。
細菌是單細胞原核生物，結構簡單，主要由裸露的 DNA 和細胞壁組成，可以在周圍環境中或人體內繁殖。有些細菌可產生毒素或酶，破壞宿主細胞，如引起腹瀉和脫水的霍亂弧菌；而有些細菌則是非致病菌，如終身棲居在人體腸道內的大腸桿菌。
由細菌引起的疾病包括肺結核、痢疾、霍亂、腦膜炎、梅毒、淋病、白喉、傷寒等。
與細菌不同，真菌是多細胞真核生物，由菌絲組成。菌絲連接成菌絲體，是真菌的營養生長部分。真菌用孢子進行繁殖，它們容易在潮濕陰暗的環境中滋生。
真菌會感染人體皮膚、指甲、毛髮，如腳癬就是由真菌感染引起的。當腳的皮膚潮濕、出汗過多時，真菌就會在腳掌和趾縫間大肆繁殖，進而入侵皮膚，出現痕癢、發炎、起泡，誘發腳癬。因此我們要保持個人衛生，勤洗、勤換鞋襪，洗澡後及時擦乾腳掌及趾縫。在炎熱的夏天，更應穿著透氣度高、吸汗能力強的鞋子和襪子。
病毒由蛋白質外殼和核酸（DNA 或 RNA）組成，非常細小，而且沒有細胞結構。
病毒不能自行繁殖，需要借助宿主細胞才能產生新病毒。它們感染宿主細胞的方式有：
破壞宿主細胞的細胞膜
抑制宿主細胞合成核酸和蛋白質
由病毒引起的疾病包括「沙士」、流行性感冒、傷風、麻疹、愛滋病、天花、日本腦炎、登革熱、乙型肝炎、脊髓灰質炎（小兒麻痺症）等。
原生生物是單細胞真核生物。某些原生生物以人體為宿主，寄生在人體內，如瘧原蟲、阿米巴變形蟲等。阿米巴變形蟲寄生在人體腸道內，引起阿米巴痢疾，導致腹瀉。瘧原蟲感染人體肝臟後，在肝臟內繁殖，接著感染紅血細胞並繼續繁殖。受到感染的紅血細胞釋放出瘧原蟲，繼續感染其它細胞。紅細胞破裂會釋放有毒物質，令受感染者發燒、顫抖、出汗，並引致瘧疾。
