在孟德爾的實驗中，各代的基因型是如何的？

我們假設：

• 豌豆的顏色和形狀分別由兩個基因控制，用字母 Y 和 R 代表
• 表達黃色和圓滑性狀的顯性等位基因，是 Y 和 R
• 表達綠色和皺皮的隱性等位基因，是 y 和 r
• 純合黃色圓粒的基因型是 YYRR
• 純合綠色皺粒的基因型是 yyrr

至於親代配子的基因型是什麼呢？根據孟德爾的假說，配子是由每個基因座隨機選取一個等位基因。右圖中，親代的配子應該是甚麼基因型呢？(請點擊豌豆)

配子需要把生物所有的特徵遺傳給子代，因此需要從每個基因座取得等位基因；二倍體生物的配子只需要一半的基因份數 (即每基因座得 1 份等位基因)，否則雌雄配子結合後的基因份數會多於正常。

由於親代豌豆是純種，基因型是純合，父本母本各自産生的配子只有一種。因此，第一子代的個體只有一種基因型，表現型也只有一種「黃色圓粒」。

第一子代的所有個體都是雙基因雜合，每個基因座都有 2 種等位基因。如果基因座之間互不影響，等位基因就會隨機分配到配子，產生的配子基因型就有 2x2=4 種。(請點擊播放下方動畫）

這個由孟德爾提出的「不同基因座的等位基因，各自獨立進入配子，導致等位基因自由組合」的假設，被後人稱為孟德爾獨立分配定律，又名孟德爾第二定律。

由於實驗中的第二子代由第一子代自花傳粉培育，雌雄配子也就各有 4 種，F₂ 的基因型因此有 4x4=16 種。

(提示：見龐式表；點擊方格，可在基因型和表現型間轉換。)

這 16 種基因型，形成 4 種表現型。這是因為雜合的基因座，跟顯性純合的表現型相同，都表達顯性性狀。因此，整個 F₂ 群體的性狀以顯性的較常見。

4 種表現型，以 9∶3∶3∶1 的比例分佈。換句話說，16 種基因型中，9 種的表現型是「顯性-顯性」，3 種的表現型是「顯性-隱性」，如此類推。

9∶3∶3∶1 (雙基因雜交比例) 建基於等位基因的獨立分配。如果沒有獨立分配，這個表現型比例就會改變。

以龐氏圖來描述雙基因雜交，能幫助不熟練的繪畫者避免錯誤，不過十分繁複；如果熟習單基因雜交比例的原理，用分叉圖可大大簡化雙基因雜交的分析：