| 光學顯微鏡 | 電子顯微鏡 | |
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| 原理 | 利用光線穿透活的，或死的樣本而成像 | 利用電子撞擊樣本（死的）內部或表面成像 |
| 放大倍數 | 可達 \(1 \ 500\) 倍 | 可達 \(100 \ 000\) 倍以上 |
| 樣本舉例 | 植物細胞，動物細胞， 人類細胞，花粉等 | 細胞器，細菌，病毒等 |
| 樣本處理 | 可觀察死的，或者活的樣本 | 樣本需要經過乾燥處理 |
| 成像特點 |
影像是平面的、彩色的，可以是動態的
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影像可以是立體的，只能是黑白的、靜態的
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| 簡單分類 |
正立顯微鏡； 倒立顯微鏡； 解剖顯微鏡 |
透射電子顯微鏡：藉發出電子束，穿透樣本產生影像，從而顯示樣本的內部結構。可產生達 \(800 \ 000\) 被的平面黑白影像。 掃描電子顯微鏡：利用電子束掃描樣本的表面，從而顯示樣本表面的形態。可產生達 \(30 \ 000\) 倍的立體影像。 |