為了減低基因改造微生物的潛在危機，科學家和各地政府制定了一系列措施：

1. 制定嚴格守則和安全預防措施，防止微生物從實驗室洩漏。
2. 小心測試基因改造微生物所生產的蛋白質，減低其引致過敏的可能性。
3. 進一步改造微生物的基因，使它們不能在大自然中生長，或無法與大自然中的生物互換基因。