抗生素是常用於治療傳染病的一種藥物。最早發現並用於治療傳染病的抗生素是青黴素，由英國微生物學家弗萊明發現並命名。除了抗生素，磺胺類藥物、雞尾酒療法等亦能治療某些傳染病。
抗生素是微生物如細菌、真菌等的代謝產物，能干擾、抑制細菌、真菌等微生物的生長和繁殖，甚至能把它們殺滅。抗生素通常對人體無害，所以廣泛用於傳染病的治療。抗生素的發現大大推動了傳染病治療學的發展。抗生素通過破壞細菌細胞壁、細胞膜，抑制細菌核酸及蛋白質的合成來發揮作用。
按作用範圍，抗生素可分為廣譜抗生素和狹譜抗生素。前者抗菌範圍廣，可對抗大部分細菌；而後者抗菌範圍窄，只能抵抗一種或幾種細菌。
長時間濫用抗生素對付傳染病，會使細菌產生抗生素抗藥性。抗生素抗藥性的發展分為突變和選擇兩個階段。
細菌容易對抗生素產生抗藥性，並在人體內大量繁殖。使用抗生素藥物應該適時、適量，切勿濫用或誤用抗生素。
磺胺類藥物是第一種用於治療細菌感染的合成藥物，是一類競爭性抑制劑，通過與葉酸競爭性抑制二氫葉酸合成酶來阻止細菌的繁殖。
愛滋病，又稱為人類免疫力缺陷症，是由 HIV（又叫人類免疫力缺乏病毒）病毒引起的。受 HIV 病毒感染的病人免疫力會減弱直至完全喪失，因此極易受到各種病原體侵襲。由於 HIV 病毒突變快，利用人體作為宿主進行大量複製，所以對抗病毒的藥物同時會影響正常細胞的新陳代謝，迄今未有根治愛滋病的有效藥物。
抗雞尾酒療法是目前較為有效的療法。此療法對患者同時使用多種藥物，每種藥物針對 HIV 病毒繁殖過程中的不同時期，降低病毒複製速度，減少人體內病毒數量。此療法把幾種藥物同時混合，像雞尾酒的調製，因此得名。雞尾酒療法費用昂貴，副作用較大，只能控制病毒繁殖，無法根治。