隨著人類人口的上升和社會的發展，大量自然的生境 (如森林) 遇到破壞以建設城市、耕地等，導致其中的物種滅絕。

土地發展的過程也會令自然生境被分割成小面積的片段，生活在孤立片段中的物種可能因未能適應而消失。

人類有意無意間會把一些物種帶到原本沒有該物種的生境，令原生物種可能受到傷害，甚至滅絕，如狩獵原生物種，或壟斷一些資源。

例如來自南美洲的薇甘菊近年入侵香港的植被，它們遮蓋植被迅速生長，導致植物得不到足夠陽光而死亡。

人類不斷在自然生態系中捕捉動植物，作為食物、藥物或資源，若捕捉的速度比自然繁殖的速度快，該物種就有機會滅絕。

例如藍鰭吞拿魚、大象、犀牛等，都因過度開發而瀕臨滅絕的物種。

全球暖化的出現，導致自然生態系的分佈，若物種的遷徙能力較低，未能遷徙到適合的地帶，就有機會滅絕。

全球暖化也會導致氣候兩極化，洪水和旱災的出現也會破壞自然生境。