第一步是獲得目標基因。利用的工具是能識別目標基因的限制酶，這種特定的限制酶會沿著DNA鏈搜索，發現目標基因后會好像剪刀一樣把目標基因剪下來。

第二步是將目標基因連接到載體。載體就是從細菌中分離出來的質粒，把環狀的質粒用限制酶剪開一個缺口，然後把目標基因插進去，最後再用DNA連接酶，把兩邊粘起來，製造一個新的質粒圓環。

第三步是新質粒的導入。一種方法是將細菌和改造后的質粒同時放在合適的培養液中，這樣細菌就會把質粒吸收進去。

第四步是培養改造后的細菌。在細菌細胞內，基因改造的質粒會像普通質粒一樣自主複製，而且指導合成蛋白質。這樣，目標基因編碼的蛋白質就會出現在細胞裏。如果整個培養條件合適的話，細菌就會快速繁殖，就克隆出更多的目標基因，也會合成更多的目標蛋白質。